• אסימטריה בגולגולת והפנים – כאשר גולגולת התינוק עוברת לחץ גדול בעת יציאתה מן הרחם, עצמות הגולגולת משנות את תנוחתן. הן אמורות לשוב למנח הקודם שלהן לאחר הלידה, אך במקרים מסוימים הן חוזרות למקומן באופן אסימטרי. מצב זה משפיע על העצבים בגולגולת ומפריע להם לתפקד, ועלול ליצור אצל התינוק תחושת מתח פנימית, בכי בלתי פוסק, קושי ביניקה ועוד.
• טורטיקוליס – כאשר התינוק נולד עם הטיית הראש לאחור או לצד אחד והשטחה של העצם האחורית בגולגולת, מצב זה נקרא טורטיקוליס. לפעמים התינוק אינו מצליח לסובב את ראשו לצד אחד, והדבר משפיע על האופן בו מקבל התינוק  אינפורמציה דרך האוזניים והעיניים, ועשוי לגרום לבעיות הנקה. הזנחת טורטיקוליס יכולה להוביל להחמרת המצב עם הזמן, לכן חשוב לטפל בטורטיקוליס בהקדם האפשרי.
• בעיות בהנקה – בעיות בהנקה נובעות הרבה פעמים מלידה שהתרחשה מהר מדי או מלידה מכשירנית (כגון וואקום או מלקחיים). מצבים אלה יכולים לגרום ללחצים ברקמות הרכות באזור הצווארי של התינוק (טורטיקוליס) ולייצר מתח ברקמות הגולגולת, ולעיתים אף גורמים לעצמות הלסת של התינוק להיות מהודקות באופן שמפריע לפתיחה רחבה של הפה ולהיצמדות טובה אל השד ליניקה. באמצעות מספר טיפולים של קרניו-סקראל ניתן לשחרר את המתח ולהקל על התינוק.
• ריפלוקס – ריפלוקס הוא מצב בו השריר הטבעתי שבין הושט לקיבת התינוק משחרר את תכולת הקיבה של התינוק בחזרה למעלה אל הושט. מצב זה גורם לפליטות מרובות, הקאות, צרבות וכאבים. מצב זה שכיח ביותר אצל תינוקות וילדים, בעיקר אצל פגים ובעיקר עד גיל שנה.

אוסטאופתיה לתינוקות יכולה להתחיל אצל האם ההריונית עוד לפני הלידה – טיפול אוסטאופתי מסייע לשחרור כאבי גב ומגמיש את האגן. הפעולה הזאת יכולה לסייע להפחית את הלחץ על הגולגולת של התינוק בזמן המעבר בתעלת הלידה.